Nel Medioevo, in Italia erano mangiate focacce simili a quelle antiche, che avevano diverse varianti locali e diversi nomi. Queste focacce erano molte apprezzate sia dagli aristocratici che dal popolo.

Gli ingredienti fondamentali della pizza sono il pomodoro e la mozzarella, il tipico formaggio fresco. Questi ingredienti sono stati prodotti in Italia solo dopo due fasi storiche. I bufali sono stati reintrodotti nell’Italia del sud dai Longobardi, una popolazione germanica che ha governato l’Italia per due secoli dopo la caduta dell’Impero romano. Questi animali si sono diffusi in Lazio e in Campania e dalle bufale si ricava il latte per la produzione di mozzarella, detta proprio "di bufala".
Dopo la scoperta dell’America, sono state da lì importate nuove piante, tra cui i pomodori, già apprezzati dagli Atzechi. I pomodori si sono ambientati benissimo nel clima mite dell’Italia meridionale, dove hanno acquistato il colore rosso vivo: prima in America erano gialli. 
Così, alla fine del 1500, a Napoli sono disponibili i due ingredienti per condire la focaccia e creare la pizza. Nel 1700, la pizza viene preparata in forni a legna per essere quindi venduta per le strade e per i vicoli della città. Si afferma l’abitudine di mangiare la pizza non solo a casa o per le strade, ma anche presso i forni: nasce così la pizzeria, cioè il ristorante dove si mangia la pizza. La pizzeria tipica ha il forno a legna, il bancone di marmo dove viene confezionata la pizza, lo scaffale dove sono mostrati gli ingredienti, i tavoli dove i clienti la possono consumare.

In quel periodo, diventano famose le grandi famiglie di pizzaioli napoletani. Nel 1780, viene fondata da Pietro Colicchio la pizzeria "Pietro… e basta così", la cui tradizione è continuata oggi dall’"Antica Pizzeria Brandi”. Nel 1889, il miglior pizzaiolo di quell’epoca, Raffaele Esposito, marito della figlia di Enrico Brandi, ha fatto assaggiare la pizza al re d’Italia Umberto I e sua moglie Margherita. Raffaele Esposito realizzò per loro tre pizze: la pizza alla "mastunicola" (strutto, formaggio, basilico), la pizza alla marinara (pomodoro, aglio, olio, origano) e la pizza pomodoro e mozzarella (pomodoro, mozzarella, olio, basilico). L’ultima era stata realizzata proprio in onore della regina: i colori verde, bianco e rosso richiamavano intenzionalmente il tricolore italiano. La sovrana apprezzò così tanto la pizza che volle elogiare l’autore di queste bontà per iscritto. Ancora oggi la lettera di ringraziamento della regina è visibile nell’“Antica Pizzeria Brandi” a Napoli.
Per questo, il pizzaiolo decise di dare il nome della regina alla sua nuova pizza.  Da allora, la pizza con  pomodoro, mozzarella e basilico, si chiama “pizza margherita”.